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Fmoc-Pro-Pro-OH (N-fluorenilmetoxicarbonil-L-prolil-L-prolina) es un dipéptido protegido por Fmoc compuesto por dos residuos de L-prolina unidos mediante un enlace peptídico. La molécula presenta el grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) lábil al ácido que protege el extremo N, mientras que el ácido carboxílico C-terminal permanece libre para reacciones de acoplamiento. La presencia de dos residuos de prolina consecutivos imparte una rigidez conformacional significativa a la columna vertebral del péptido debido a la estructura de anillo de pirrolidina cíclica única de la prolina, que restringe la flexibilidad de la columna vertebral y promueve la formación de estructuras secundarias helicoidales y de giro.

Fmoc-Phe(4-tBu)-OH (Fmoc-4-terc-butil-L-fenilalanina, CAS 213383-02-9) es un derivado de aminoácido aromático protegido con fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) empleado como componente básico en la síntesis de péptidos en fase sólida. La molécula presenta un grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) que protege la funcionalidad α-amino y un voluminoso sustituyente 4-terc-butilo en el anillo de fenilo de la cadena lateral de fenilalanina.

Fmoc-beta-HGlu(OtBu)-OH (éster 6-terc-butílico del ácido Fmoc-L-β-homoglutámico, CAS 203854-49-3) es un derivado de β-aminoácido especializado diseñado para la síntesis de péptidos en fase sólida de Fmoc/t-Bu. La molécula presenta un grupo protector 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) en la función amino y un éster terc-butílico que protege la función carboxilo de la cadena lateral en la posición 6. La columna vertebral del ácido β-homoglutámico extiende la cadena peptídica en un átomo de carbono en comparación con el ácido glutámico estándar, lo que proporciona propiedades conformacionales y funcionales únicas.

Fmoc-Dap(Boc)-OH (ácido Nα-Fmoc-Nβ-Boc-L-2,3-diaminopropiónico, CAS 162558-25-0) es un derivado de aminoácido quiral no proteinogénico ortogonalmente protegido clasificado como un componente básico del ácido L-2,3-diaminopropiónico (Dap). La molécula presenta un grupo protector terc-butoxicarbonilo (Boc) lábil a los ácidos en la funcionalidad β-amino de la cadena lateral y un grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) lábil a las bases en la posición α-amino.

Fmoc-Trp-OH (Nα-Fmoc-L-triptófano, CAS 35737-15-6) es un derivado protegido con Fmoc del aminoácido aromático L-triptófano natural. La estructura molecular de Fmoc-Trp-OH consiste en una cadena principal de triptófano con un grupo protector Fmoc (9-fluorenilmetoxicarbonilo) unido al grupo α-amino. El triptófano es único entre los aminoácidos proteinogénicos por su cadena lateral indol, un sistema aromático bicíclico que contiene un anillo de pirrol fusionado a un anillo de benceno.

Fmoc-Gln-OH (Nα-Fmoc-L-glutamina, CAS 71989-20-3) es un derivado protegido por Fmoc del aminoácido L-glutamina natural. La estructura molecular de Fmoc-Gln-OH consiste en una cadena principal de glutamina que lleva un grupo protector Fmoc (9-fluorenilmetoxicarbonilo) unido al grupo α-amino. El grupo Fmoc es un resto protector lábil a las bases que se elimina selectivamente en condiciones básicas suaves (típicamente piperidina en DMF), lo que permite estrategias de desprotección ortogonales en la síntesis de péptidos en fase sólida (SPPS).