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Fmoc-Glu-OAll (éster α-alílico del ácido N-α-Fmoc-L-glutámico, IUPAC: ácido (4S)-4-(9H-fluoren-9-ilmetoxicarbonilamino)-5-oxo-5-prop-2-enoxipentanoico) es un derivado del ácido glutámico protegido ortogonalmente que lleva un grupo Fmoc lábil en base en el extremo α-amino y un alilo. éster (OAll) que protege el grupo α-carboxilo, mientras que la cadena lateral γ-carboxilo sigue siendo un ácido carboxílico libre.

Fmoc-Asp(OAll)-OH (éster α-alílico del ácido N-α-Fmoc-L-aspártico, IUPAC: ácido (2S)-2-(9H-fluoren-9-ilmetoxicarbonilamino)-4-oxo-4-prop-2-enoxibutanoico) es un derivado del ácido aspártico protegido ortogonalmente que presenta dos estrategias de protección distintas: un Fmoc lábil en base. (9-fluorenilmetoxicarbonilo) que protege el extremo α-amino, y un éster alílico (OAll) que protege el grupo α-carboxilo.

Fmoc-D-Ser(tBu)-OH (N-[(9H-fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-O-terc-butil-D-serina) es un derivado protegido con N-Fmoc y O-terc-butilo del aminoácido no natural D-serina. La estructura comprende un grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) unido al grupo α-amino y un grupo éter terc-butílico (tBu) lábil a los ácidos que protege el hidroxilo de la cadena lateral. Este esquema de protección ortogonal (Fmoc lábil a las bases en la amina, tBu lábil a los ácidos en la cadena lateral) es fundamental para su papel en la síntesis de péptidos en fase sólida (SPPS) de Fmoc.

Fmoc-Gly-Gly-OH es un derivado dipéptido que presenta un residuo de glicina protegido por Fmoc acoplado a una segunda glicina mediante un enlace amida, lo que da como resultado la fórmula estructural Fmoc-NH-CH₂-CO-NH-CH₂-COOH. La molécula no contiene centros quirales, ya que la glicina es aquiral. La columna vertebral del dipéptido es muy flexible, lo que convierte a Fmoc-Gly-Gly-OH en un bloque de construcción ideal para construir conectores basados ​​en péptidos.

Fmoc-Asp(OtBu)-OH es un derivado del ácido L-aspártico protegido por Fmoc que presenta un grupo protector terc-butilo (OtBu) en el grupo β-carboxilo de la cadena lateral. Estructuralmente, la molécula consta de un núcleo de ácido L-aspártico con la amina primaria protegida por un grupo 9-fluorenilmetoxicarbonilo (Fmoc), el grupo protector lábil en bases estándar para la síntesis de péptidos en fase sólida (SPPS), y el ácido carboxílico de cadena lateral protegido como un éster terc-butílico.

Fmoc-D-Leu-OH (N-[(9H-fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-D-leucina) es una forma protegida por N-Fmoc de D-leucina, el enantiómero no natural del aminoácido esencial de cadena ramificada L-leucina. La estructura molecular presenta un grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) unido al grupo α-amino de la D-leucina, mientras que el ácido carboxílico permanece libre para la formación de enlaces peptídicos.