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Fmoc-Glu(OtBu)-OH·H₂O (monohidrato de éster γ-terc-butílico del ácido Fmoc-L-glutámico, CAS 204251-24-1) es un derivado protegido por Fmoc del ácido L-glutámico en el que el grupo γ-carboxilo de la cadena lateral está protegido como un éster terc-butílico. La molécula presenta el grupo Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonilo) en el extremo N para protección temporal durante SPPS, un ácido α-carboxílico libre para el alargamiento de la cadena peptídica y un éster terc-butílico (OtBu) que protege el carboxilato de la cadena lateral.

Fmoc-L-Pen(Acm)-OH (Fmoc-S-acetamidometil-L-penicilamina, CAS 201531-76-2) es un derivado protegido con Fmoc del aminoácido no natural L-penicilamina (β,β-dimetilcisteína). La molécula presenta un núcleo de penicilamina con una sustitución de terc-butilo (gem-dimetilo) en el carbono β, un ácido carboxílico libre y un grupo protector N-terminal Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonilo). El grupo tiol de la penicilamina está protegido por un grupo acetamidometilo (Acm), que sirve como un resto protector de tiol que es estable en condiciones estándar de Fmoc SPPS y puede eliminarse selectivamente usando acetato de mercurio o yodo para revelar el tiol libre para la formación de enlaces disulfuro.

Fmoc-ThpGly-OH (ácido Fmoc-4-amino-tetrahidropiran-4-carboxílico, CAS 285996-72-7) es un aminoácido no natural especializado protegido por Fmoc que presenta un anillo de tetrahidropirano fusionado al centro de carbono alfa. La molécula consta de un anillo rígido de tetrahidropirano (oxano) de seis miembros con un grupo amino en la posición 4, que está protegido por el grupo Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonilo), y una funcionalidad de ácido carboxílico en el mismo carbono.

Fmoc-Met(O2)-OH (N-α-Fmoc-L-metionina sulfona, CAS 163437-14-7) es un derivado de L-metionina protegido por Fmoc en el que el átomo de azufre se ha oxidado completamente al estado de oxidación de sulfona (R-SO₂-R). Esta modificación estructural altera fundamentalmente las propiedades electrónicas y estéricas de la cadena lateral de metionina: el grupo sulfona introduce dos átomos de oxígeno que aumentan significativamente la polaridad del residuo al tiempo que eliminan la funcionalidad tioéter sensible a redox presente en la metionina nativa.

Fmoc-Ado-OH (ácido Fmoc-8-amino-3,6-dioxaoctanoico, también conocido como Fmoc-AEEA o Fmoc-NH-PEG₂-CH₂COOH) es un derivado del ácido amino-PEG₂-acético protegido con Fmoc que presenta un espaciador de polietilenglicol (PEG) flexible entre la amina protegida con Fmoc y el ácido carboxílico terminal. La molécula consta de una amina primaria protegida con Fmoc unida a un ácido carboxílico a través de un espaciador de ácido 3,6-dioxaoctanoico, una cadena de PEG₂ hidrófila que imparte solubilidad en agua y flexibilidad conformacional.

Fmoc-5-Hydroxy-Nva(TBDPS)-OH (N-fluorenilmetoxicarbonil-5-(terc-butildifenilsilil)oxi-L-norvalina) es un derivado de aminoácido no proteinógeno, protegido por Fmoc, especializado que presenta una modificación hidroxi en la cadena lateral de la norvalina. La molécula incorpora el grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) lábil al ácido que protege el extremo N, mientras que el grupo hidroxilo de la cadena lateral está enmascarado por el grupo protector terc-butildifenilsililo (TBDPS), un éter sililo voluminoso y estable al ácido que proporciona protección ortogonal durante la síntesis de péptidos.