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Boc-Pro-NH₂ (N-(terc-butoxicarbonil)-L-prolinamida, CAS 35150-07-3) es un derivado de L-prolina protegido por Boc que presenta una amida primaria en la posición C2. La molécula consta de un anillo de pirrolidina con un grupo terc-butiloxicarbonilo (Boc) que protege el nitrógeno del anillo y un grupo carboxamida (-CONH₂) en el estereocentro C2.

Fmoc-Lys(C16-OtBu)-OH (CAS 2952671-06-4) es un derivado de lisina especializado protegido por Fmoc que presenta un resto lipídico C16 de cadena larga (grupo hexadecanoilo/palmitoilo) unido al grupo ε-amino de la lisina mediante un enlace amida, con el ácido carboxílico C-terminal protegido como un éster terc-butílico. Esta arquitectura molecular única combina la funcionalidad α-amino protegida por Fmoc necesaria para la síntesis de péptidos en fase sólida con una cadena alquílica C16 lipófila que confiere propiedades anfifílicas a los péptidos resultantes.

Fmoc-D-Trp-OH (Nα-Fmoc-D-triptófano, CAS 86123-11-7) es un derivado protegido por Fmoc del enantiómero D del triptófano, un aminoácido aromático esencial. La molécula presenta el grupo 9-fluorenilmetoxicarbonilo (Fmoc) que protege la función α-amino, mientras que el ácido carboxílico permanece libre para el alargamiento de la cadena peptídica. La cadena lateral de indol de Fmoc-D-Trp-OH proporciona carácter aromático y capacidad de formación de enlaces de hidrógeno, lo que convierte a este compuesto en un componente valioso para incorporar residuos de D-triptófano en secuencias peptídicas mediante la síntesis de péptidos en fase sólida (SPPS) de Fmoc.

Fmoc-beta-Ala-OH (Fmoc-β-alanina, ácido 3-((((9H-Fluoren-9-il)metoxi)carbonil)amino)propanoico, CAS 35737-10-1) es un derivado de β-aminoácido protegido con Fmoc que presenta el grupo protector Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonilo) unido al grupo β-amino. A diferencia de los α-aminoácidos estándar, Fmoc-beta-Ala-OH contiene el grupo amino en la posición β (carbono 3) en relación con el ácido carboxílico, lo que da como resultado una columna vertebral de tres carbonos (H₂N-CH₂-CH₂-COOH) en lugar de la columna vertebral de dos carbonos de la α-alanina.

Fmoc-Gln(Trt)-OH (Nα-Fmoc-Nδ-tritil-L-glutamina, CAS 132327-80-1) es un derivado de L-glutamina doblemente protegido que presenta el grupo protector Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonilo) en el grupo Nα-amino y el grupo protector tritilo (Trt, trifenilmetilo) en la amida de la cadena lateral Nδ. Esta estrategia única de doble protección aborda eficazmente los desafíos inherentes a la incorporación de glutamina en la síntesis de péptidos.

Fmoc-7-Me-Trp-OH (N-Fmoc-7-metil-L-triptófano, CAS 1808268-53-2) es un derivado de aminoácido no proteinógeno protegido por Fmoc que presenta una sustitución de 7-metilo en el anillo de indol del L-triptófano. La estructura molecular consiste en el grupo protector fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) unido al grupo α-amino mediante un enlace carbamato, con un núcleo de 7-metil-L-triptófano que lleva un ácido carboxílico en el extremo C-terminal.