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Fmoc-Gly-Gly-OH es un derivado dipéptido que presenta un residuo de glicina protegido por Fmoc acoplado a una segunda glicina mediante un enlace amida, lo que da como resultado la fórmula estructural Fmoc-NH-CH₂-CO-NH-CH₂-COOH. La molécula no contiene centros quirales, ya que la glicina es aquiral. La columna vertebral del dipéptido es muy flexible, lo que convierte a Fmoc-Gly-Gly-OH en un bloque de construcción ideal para construir conectores basados ​​en péptidos.

Fmoc-Asp(OtBu)-OH es un derivado del ácido L-aspártico protegido por Fmoc que presenta un grupo protector terc-butilo (OtBu) en el grupo β-carboxilo de la cadena lateral. Estructuralmente, la molécula consta de un núcleo de ácido L-aspártico con la amina primaria protegida por un grupo 9-fluorenilmetoxicarbonilo (Fmoc), el grupo protector lábil en bases estándar para la síntesis de péptidos en fase sólida (SPPS), y el ácido carboxílico de cadena lateral protegido como un éster terc-butílico.

Fmoc-D-Leu-OH (N-[(9H-fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-D-leucina) es una forma protegida por N-Fmoc de D-leucina, el enantiómero no natural del aminoácido esencial de cadena ramificada L-leucina. La estructura molecular presenta un grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) unido al grupo α-amino de la D-leucina, mientras que el ácido carboxílico permanece libre para la formación de enlaces peptídicos.

Fmoc-Dab(Boc)-OH (ácido N-[(9H-fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-N'-terc-butoxicarbonil-L-2,4-diaminobutírico) es un derivado protegido ortogonalmente del aminoácido no proteinógeno ácido L-2,4-diaminobutírico (Dab). La estructura comprende un grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) lábil a las bases que protege la α-amina y un grupo terc-butoxicarbonilo (Boc) lábil a los ácidos que protege la cadena lateral de la γ-amina. Este esquema de protección ortogonal (Fmoc en la α-amina y Boc en la γ-amina) permite la desprotección y funcionalización selectiva y secuencial de dos posiciones distintas de amina dentro de un único bloque de construcción de aminoácidos.

Fmoc-Thi-OH es un aminoácido no natural protegido por Fmoc que presenta un heterociclo de tiofeno como cadena lateral. Estructuralmente, la molécula comprende un grupo fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) que protege la funcionalidad α-amino, un centro quiral central derivado de alanina y un grupo 2-tienilo en la posición β. El anillo de tiofeno sirve como bioisóstero aromático que contiene azufre del anillo de fenilalanina benceno, y ofrece propiedades electrónicas similares pero con distintas características de polarización y formación de enlaces de hidrógeno.

Fmoc-Asn(Trt)-OH es un derivado de L-asparagina totalmente protegido diseñado específicamente para la síntesis de péptidos en fase sólida. El grupo α-amino está protegido con el grupo Fmoc para controlar el alargamiento de la cadena, mientras que la cadena lateral amida de la asparagina está protegida con un grupo tritilo (trifenilmetilo, Trt). Esta estrategia de protección ortogonal es fundamental para la asparagina, ya que su amida de cadena lateral no sustituida puede sufrir reacciones secundarias indeseables, incluida la deshidratación a cianoalanina durante el ensamblaje del péptido.