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Fmoc-Hser(Trt)-OH (N-α-fluorenilmetoxicarbonil-O-tritil-L-homoserina) es un derivado de aminoácido especializado protegido por Fmoc que presenta un grupo protector tritilo (trifenilmetilo) en el hidroxilo de la cadena lateral de la homoserina. La cadena principal de homoserina presenta una unidad de metileno adicional en comparación con la serina, lo que extiende la longitud de la cadena lateral en un átomo de carbono, lo que ofrece una flexibilidad conformacional única cuando se incorpora a péptidos sintéticos. El grupo protector tritilo exhibe una excepcional labilidad ácida (escindible en condiciones ácidas suaves como 1 % de TFA en DCM que contiene 5 % de TIS), lo que permite que el grupo hidroxilo de la cadena lateral se modifique selectivamente mientras el derivado permanece unido al soporte sólido durante la síntesis de péptidos en fase sólida (SPPS).

Fmoc-L-4-Nitro-Phe-OH (N-α-fluorenilmetoxicarbonil-4-nitro-L-fenilalanina) es un derivado de fenilalanina protegido por Fmoc de configuración L de alta pureza que presenta un grupo nitro aceptor de electrones en la posición para del anillo aromático. Como enantiómero natural de la fenilalanina, la configuración L mantiene la orientación estereoquímica que se encuentra en las proteínas y los péptidos nativos, lo que convierte a Fmoc-L-4-Nitro-Phe-OH en el componente básico preferido para la síntesis de péptidos bioactivos que conservan propiedades conformacionales y funcionales nativas.

Fmoc-D-Phe-OH (N-[(9H-Fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-D-fenilalanina, fórmula molecular C₂₄H₂₁NO₄) es una forma protegida con N-Fmoc del enantiómero D no natural del aminoácido aromático fenilalanina. Estructuralmente, la molécula consta de un grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) unido al α-amino nitrógeno de la D-fenilalanina mediante un enlace carbamato, con un ácido carboxílico libre en el extremo C-terminal. El grupo Fmoc es ortogonal a los grupos protectores de cadenas laterales lábiles a los ácidos y se escinde rápidamente en condiciones básicas suaves (normalmente 20 % de piperidina en DMF), sin afectar la integridad de las cadenas peptídicas en crecimiento ni el enlace de resina Wang/Trt.

Fmoc-Cys(Acm)-OH (N-α-Fmoc-S-acetamidometil-L-cisteína) es un derivado de cisteína protegido ortogonalmente donde el grupo tiol está enmascarado por el grupo protector acetamidometilo (Acm) y la función α-amino está protegida por el grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc). La protección de Acm es estable frente al ácido trifluoroacético (TFA), lo que permite la desprotección selectiva de los tioles de cisteína durante la síntesis del péptido en fase sólida de Fmoc sin exponer el péptido a las condiciones de escisión ácida requeridas para los grupos protectores de cadena lateral estándar.

Fmoc-Gly-OH (N-9-fluorenilmetoxicarbonilglicina) es el componente básico de aminoácidos protegido por Fmoc más simple. El grupo Fmoc protege la función α-amino de la glicina, permitiendo su incorporación a cadenas peptídicas en Fmoc SPPS. Como el aminoácido más pequeño y conformacionalmente más flexible, la glicina no introduce ningún obstáculo estérico en la cadena lateral, lo que permite que Fmoc-Gly-OH se acople eficientemente en todas las posiciones de una secuencia peptídica con un riesgo mínimo de racemización.

El producto es Fmoc-Pro-OH (N-[(9H-Fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-L-prolina, también conocida como Fmoc-L-prolina), un componente fundamental de la síntesis de péptidos moderna. Estructuralmente, la molécula presenta un residuo de prolina bicíclico, que incorpora de manera única una amina secundaria como parte de un anillo de pirrolidina rígido, protegido en su extremo N por el grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) lábil a las bases, que sirve como grupo protector de amina estándar de oro en la síntesis de péptidos en fase sólida.