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Fmoc-Gln(Trt)-OH (Nα-Fmoc-Nδ-tritil-L-glutamina, CAS 132327-80-1) es un derivado de L-glutamina doblemente protegido que presenta el grupo protector Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonilo) en el grupo Nα-amino y el grupo protector tritilo (Trt, trifenilmetilo) en la amida de la cadena lateral Nδ. Esta estrategia única de doble protección aborda eficazmente los desafíos inherentes a la incorporación de glutamina en la síntesis de péptidos.

Fmoc-7-Me-Trp-OH (N-Fmoc-7-metil-L-triptófano, CAS 1808268-53-2) es un derivado de aminoácido no proteinógeno protegido por Fmoc que presenta una sustitución de 7-metilo en el anillo de indol del L-triptófano. La estructura molecular consiste en el grupo protector fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) unido al grupo α-amino mediante un enlace carbamato, con un núcleo de 7-metil-L-triptófano que lleva un ácido carboxílico en el extremo C-terminal.

Fmoc-Glu(OtBu)-OH·H₂O (monohidrato de éster γ-terc-butílico del ácido Fmoc-L-glutámico, CAS 204251-24-1) es un derivado protegido por Fmoc del ácido L-glutámico en el que el grupo γ-carboxilo de la cadena lateral está protegido como un éster terc-butílico. La molécula presenta el grupo Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonilo) en el extremo N para protección temporal durante SPPS, un ácido α-carboxílico libre para el alargamiento de la cadena peptídica y un éster terc-butílico (OtBu) que protege el carboxilato de la cadena lateral.

Fmoc-L-Pen(Acm)-OH (Fmoc-S-acetamidometil-L-penicilamina, CAS 201531-76-2) es un derivado protegido con Fmoc del aminoácido no natural L-penicilamina (β,β-dimetilcisteína). La molécula presenta un núcleo de penicilamina con una sustitución de terc-butilo (gem-dimetilo) en el carbono β, un ácido carboxílico libre y un grupo protector N-terminal Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonilo). El grupo tiol de la penicilamina está protegido por un grupo acetamidometilo (Acm), que sirve como un resto protector de tiol que es estable en condiciones estándar de Fmoc SPPS y puede eliminarse selectivamente usando acetato de mercurio o yodo para revelar el tiol libre para la formación de enlaces disulfuro.

Fmoc-ThpGly-OH (ácido Fmoc-4-amino-tetrahidropiran-4-carboxílico, CAS 285996-72-7) es un aminoácido no natural especializado protegido por Fmoc que presenta un anillo de tetrahidropirano fusionado al centro de carbono alfa. La molécula consta de un anillo rígido de tetrahidropirano (oxano) de seis miembros con un grupo amino en la posición 4, que está protegido por el grupo Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonilo), y una funcionalidad de ácido carboxílico en el mismo carbono.

Fmoc-Met(O2)-OH (N-α-Fmoc-L-metionina sulfona, CAS 163437-14-7) es un derivado de L-metionina protegido por Fmoc en el que el átomo de azufre se ha oxidado completamente al estado de oxidación de sulfona (R-SO₂-R). Esta modificación estructural altera fundamentalmente las propiedades electrónicas y estéricas de la cadena lateral de metionina: el grupo sulfona introduce dos átomos de oxígeno que aumentan significativamente la polaridad del residuo al tiempo que eliminan la funcionalidad tioéter sensible a redox presente en la metionina nativa.