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Fmoc-Trp-OH (Nα-Fmoc-L-triptófano, CAS 35737-15-6) es un derivado protegido con Fmoc del aminoácido aromático L-triptófano natural. La estructura molecular de Fmoc-Trp-OH consiste en una cadena principal de triptófano con un grupo protector Fmoc (9-fluorenilmetoxicarbonilo) unido al grupo α-amino. El triptófano es único entre los aminoácidos proteinogénicos por su cadena lateral indol, un sistema aromático bicíclico que contiene un anillo de pirrol fusionado a un anillo de benceno.

Fmoc-Gln-OH (Nα-Fmoc-L-glutamina, CAS 71989-20-3) es un derivado protegido por Fmoc del aminoácido L-glutamina natural. La estructura molecular de Fmoc-Gln-OH consiste en una cadena principal de glutamina que lleva un grupo protector Fmoc (9-fluorenilmetoxicarbonilo) unido al grupo α-amino. El grupo Fmoc es un resto protector lábil a las bases que se elimina selectivamente en condiciones básicas suaves (típicamente piperidina en DMF), lo que permite estrategias de desprotección ortogonales en la síntesis de péptidos en fase sólida (SPPS).

Fmoc-Asn-OH (CAS 71989-16-7), también conocido como Nα-Fmoc-L-asparagina, es un componente fundamental de aminoácidos protegidos con Nα-Fmoc para la introducción de residuos de asparagina en la síntesis de péptidos en fase sólida (SPPS) basada en Fmoc. La molécula consta del aminoácido L-asparagina con su posición Nα protegida por el grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc), lábil a las bases, mientras que la carboxamida de cadena lateral permanece desprotegida.

Fmoc-Arg(Pmc)-OH (CAS 119831-72-0) es un derivado de arginina premium protegido con Nα-Fmoc que presenta el grupo protector Pmc (2,2,5,7,8-pentametilcroman-6-sulfonilo) en la cadena lateral de guanidinio. La molécula combina el grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) lábil a las bases para una protección Nα temporal durante el ensamblaje de la cadena peptídica con el grupo Pmc lábil a los ácidos que salvaguarda la funcionalidad guanidinio altamente reactiva de la arginina.

Fmoc-N-Me-Arg(Pbf)-OH (CAS 913733-27-4) es un derivado de arginina Nα-metilado protegido con Nα-Fmoc especializado que presenta el grupo protector Pbf (2,2,4,6,7-pentametildihidrobenzofuran-5-sulfonilo) lábil a los ácidos en la cadena lateral de guanidinio. La molécula incorpora tres elementos estructurales clave: el grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) lábil a las bases para la protección temporal de Nα durante el ensamblaje de la cadena peptídica, la metilación de Nα que introduce una restricción conformacional y mejora la estabilidad metabólica en terapias peptídicas, y el grupo guanidinio protegido con Pbf en la cadena lateral de arginina que previene reacciones secundarias no deseadas durante el acoplamiento.

Fmoc-Tyr(Me)-OH (Nα-[(9H-fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-O-metil-L-tirosina, también conocida como Fmoc-4-metoxi-L-fenilalanina) es un derivado de tirosina protegido por Fmoc que presenta un grupo protector de éter metílico en la cadena lateral del hidroxilo fenólico. El fenol de la cadena lateral de tirosina se metila para formar un residuo estable de 4-metoxifenilalanina, un aminoácido no canónico que sirve como sustituto de la tirosina en la investigación de péptidos.