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Boc-β-(3-piridil)-Ala-OH (Boc-3-(3-piridil)-L-alanina) es un aminoácido no natural protegido por Boc que presenta un grupo 3-piridilo en la posición β del esqueleto de alanina. La molécula consta de un núcleo de L-alanina con un grupo protector terc-butiloxicarbonilo (Boc) en el grupo α-amino, un ácido carboxílico libre en el extremo C-terminal y un sustituyente 3-piridilo que reemplaza al grupo metilo de la alanina natural.

Boc-D-Phe-Pro-Arg-Pro-OH.HCl es un tetrapéptido protegido que consta de cuatro residuos de aminoácidos en la secuencia D-Phe-Pro-Arg-Pro, con un grupo protector terc-butiloxicarbonilo (Boc) en el extremo N y en el extremo C como ácido carboxílico libre, estabilizado como sal clorhidrato.

H-D-Lys(Boc)-OtBu.HCl es un derivado de D-lisina protegido ortogonalmente que presenta un grupo α-amino libre estabilizado como sal clorhidrato, un grupo protector terc-butiloxicarbonilo (Boc) en la cadena lateral ε-amino y un éster terc-butílico (OtBu) en el extremo C-terminal.

Boc-Lys(Boc)-ONp (éster de 4-nitrofenilo de Nα,ε-di-Boc-L-lisina) es un derivado de lisina doblemente protegido que presenta grupos protectores Boc en los grupos α-amino y ε-amino, con un éster de 4-nitrofenilo (ONp) que activa el extremo C-terminal. 

H-N-Me-Trp(Boc)-OAll Oxalato (oxalato de terc-butilo (S)-3-(3-(aliloxi)-2-(metilamino)-3-oxopropil)-1H-indol-1-carboxilato) es un derivado de triptófano N-metilado especializado que presenta protección ortogonal de sus tres grupos funcionales. La molécula incorpora un grupo Nα-metilo (H-N-Me), un nitrógeno indol protegido con Boc y un grupo protector de éster alílico (OAll) en el extremo C-terminal.

Boc-Val-OH (N-(terc-butoxicarbonil)-L-valina) es un derivado protegido por Boc del aminoácido esencial de cadena ramificada L-valina. La molécula consta de un núcleo de valina con su grupo α-amino protegido por un grupo terc-butoxicarbonilo (Boc), mientras que el ácido carboxílico permanece libre para reacciones de acoplamiento. Esta estrategia de protección vuelve inerte al grupo amino en condiciones básicas y nucleofílicas, al tiempo que permite la desprotección selectiva en condiciones ácidas (normalmente TFA).