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Boc-pGlu-OEt (éster etílico del ácido N-Boc-L-piroglutámico, también conocido como Boc-Pyr-OEt o (S)-1-Boc-5-oxopirrolidina-2-carboxilato de etilo) es un derivado protegido del ácido L-piroglutámico. La molécula presenta un núcleo de ácido piroglutámico, un aminoácido cíclico formado por ciclación intramolecular del ácido glutámico, con un grupo terc-butiloxicarbonilo (Boc) que protege el nitrógeno del anillo y un éster etílico que protege el ácido carboxílico.

Z-Trp(Boc)-OH.DCHA (sal de Nα-Z-Nᶦⁿ-Boc-L-triptófano diciclohexilamonio) es un derivado de L-triptófano doblemente protegido que presenta dos grupos protectores ortogonales. La molécula consta de un núcleo de L-triptófano con un grupo carbobenzoxi (Z) que protege la funcionalidad α-amino y un grupo terc-butiloxicarbonilo (Boc) que protege el nitrógeno de la cadena lateral del indol.

Boc-D-Phe-OH (N-α-terc-Butoxicarbonil-D-fenilalanina) es un derivado de D-fenilalanina protegido que presenta un grupo terc-butiloxicarbonilo (Boc) unido a la funcionalidad α-amino. La molécula consta de un núcleo de fenilalanina de configuración D, un aminoácido quiral con una cadena lateral de bencilo, con el grupo protector Boc protegiendo al grupo amino de reacciones secundarias no deseadas.

GS-650804 / Boc-(S)-ciclopropilglicina (ácido N-[(1,1-dimetiletoxi)carbonil]-(S)-amino-ciclopropilacético) es un aminoácido no natural protegido por Boc que presenta un grupo ciclopropilo en el carbono α del armazón de glicina. Este motivo estructural único combina el anillo de ciclopropilo estéricamente restringido con la quiralidad de la configuración (S), creando un análogo de aminoácido conformacionalmente bloqueado que es muy valorado en la química medicinal y la investigación de péptidos.

Boc-His(Trt)-Ala-OH (N-[(1,1-dimetiletoxi)carbonil]-1-(trifenilmetil)-L-histidil-L-alanina) es un bloque de construcción de dipéptido protegido que presenta un residuo de histidina protegido por Boc en el extremo N con un grupo tritilo (Trt) en la cadena lateral de imidazol, acoplado a un residuo de alanina en el extremo C.

Pal-Lys(Boc)-OH (éster de palmitoilo de N-[(1,1-dimetiletoxi)carbonil]-L-lisina) es un derivado de aminoácido especializado que presenta una estructura principal de lisina con modificaciones duales: un grupo protector de terc-butiloxicarbonilo (Boc) en la funcionalidad α-amino y un grupo éster de palmitoilo (hexadecanoilo) en la cadena lateral carboxilo.