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Fmoc-Cys(Acm)-OH (N-α-Fmoc-S-acetamidometil-L-cisteína) es un derivado de cisteína protegido ortogonalmente donde el grupo tiol está enmascarado por el grupo protector acetamidometilo (Acm) y la función α-amino está protegida por el grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc). La protección de Acm es estable frente al ácido trifluoroacético (TFA), lo que permite la desprotección selectiva de los tioles de cisteína durante la síntesis del péptido en fase sólida de Fmoc sin exponer el péptido a las condiciones de escisión ácida requeridas para los grupos protectores de cadena lateral estándar.

Fmoc-Gly-OH (N-9-fluorenilmetoxicarbonilglicina) es el componente básico de aminoácidos protegido por Fmoc más simple. El grupo Fmoc protege la función α-amino de la glicina, permitiendo su incorporación a cadenas peptídicas en Fmoc SPPS. Como el aminoácido más pequeño y conformacionalmente más flexible, la glicina no introduce ningún obstáculo estérico en la cadena lateral, lo que permite que Fmoc-Gly-OH se acople eficientemente en todas las posiciones de una secuencia peptídica con un riesgo mínimo de racemización.

El producto es Fmoc-Pro-OH (N-[(9H-Fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-L-prolina, también conocida como Fmoc-L-prolina), un componente fundamental de la síntesis de péptidos moderna. Estructuralmente, la molécula presenta un residuo de prolina bicíclico, que incorpora de manera única una amina secundaria como parte de un anillo de pirrolidina rígido, protegido en su extremo N por el grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) lábil a las bases, que sirve como grupo protector de amina estándar de oro en la síntesis de péptidos en fase sólida.

El producto Fmoc-N-Metil-L-Val-OH (IUPAC: N-[(9H-fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-N-metil-L-valina, también conocido como Fmoc-N-Me-Val-OH) es un derivado especializado protegido con N-α-Fmoc de N-metil-L-valina. La molécula está construida sobre la cadena lateral alifática ramificada de la valina, pero la modificación estructural definitoria es la sustitución del hidrógeno de la amida principal por un grupo metilo en el átomo de nitrógeno.

Fmoc-AzaTrp-OH (Fmoc-L-7-azatriptófano, también conocido como ácido (S)-2-((((9H-fluoren-9-il)metoxi)carbonil)amino)-3-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)propanoico) es un componente básico de aminoácido especializado protegido por Fmoc que incorpora un sistema de anillo aza-indol en lugar del cadena lateral de indol estándar del triptófano. El grupo protector Fmoc en el extremo N permite una integración perfecta en los flujos de trabajo estándar de Fmoc SPPS, mientras que la fracción 7-azatriptófano introduce un átomo de nitrógeno en el anillo de indol que altera significativamente las propiedades electrónicas y de enlace de hidrógeno de la cadena lateral.

Boc-Pip(Fmoc)-OH (ácido 4-(Boc-amino)-1-Fmoc-piperidina-4-carboxílico, CAS 368866-07-3) es un derivado de aminoácido no natural conformacionalmente restringido construido sobre un sistema de anillos de piperidina. La molécula presenta un núcleo de ácido piperidina-4-carboxílico con dos grupos protectores ortogonales: un grupo terc-butoxicarbonilo (Boc) que protege el nitrógeno 4-amino y un grupo 9-fluorenilmetoxicarbonilo (Fmoc) que protege el nitrógeno del anillo en la posición 1.