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Fmoc-D-Trp(Boc)-OH es un derivado de D-triptófano protegido con Fmoc que lleva un grupo protector Boc (terc-butoxicarbonilo) en el nitrógeno indol de la cadena lateral del triptófano. Estructuralmente, la molécula consta de un núcleo de triptófano configurado en D, con la amina primaria protegida por un grupo 9-fluorenilmetoxicarbonilo (Fmoc), un grupo protector lábil en bases esencial para la síntesis de péptidos en fase sólida (SPPS), y la cadena lateral de indol protegida por un grupo Boc para evitar reacciones secundarias no deseadas durante el ensamblaje de la cadena.

Fmoc-3,3-Difenilalanina es un aminoácido no natural protegido por Fmoc estéricamente impedido que presenta dos anillos de fenilo unidos al carbono β de la cadena principal de alanina. Estructuralmente, la molécula comprende un grupo fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) que protege la funcionalidad α-amino, una estructura quiral central derivada de alanina y una sustitución geminal de difenilo en la posición 3 (Cβ). Esta sustitución única de 3,3-difenilo crea un motivo estructural altamente congestionado con un volumen estérico significativo alrededor de la cadena lateral, lo que impone restricciones conformacionales en la columna vertebral cuando se incorpora a los péptidos.

Fmoc-3-(4-tiazolil)alanina (Fmoc-Tza-OH) es un aminoácido no natural protegido por Fmoc que presenta una cadena lateral de 4-tiazolilo unida al esqueleto de alanina. La molécula consta de un grupo fluorenilmetiloxicarbonilo (Fmoc) que protege la funcionalidad α-amino, un centro quiral central derivado de alanina y un heterociclo de tiazol en la posición β. El anillo de tiazol introduce un carácter aromático y un átomo de nitrógeno con un par solitario, lo que confiere propiedades electrónicas únicas y capacidades de coordinación de metales que son muy valoradas en la química medicinal y la ingeniería de péptidos.

Fmoc-Thr-OH·H₂O (monohidrato de N-α-fluorenilmetiloxicarbonil-L-treonina) es el derivado protegido por Fmoc del aminoácido L-treonina natural, que presenta una molécula de agua de cristalización en la red cristalina. El grupo protector Fmoc (9-fluorenilmetoxicarbonilo) está unido al grupo α-amino de la treonina mediante un enlace carbamato, mientras que el grupo hidroxilo de la cadena lateral permanece libre. La presencia de la forma monohidrato mejora la cristalinidad y la estabilidad del almacenamiento a largo plazo del producto en comparación con la forma anhidra.

El ácido Fmoc-1-aminociclobutano-1-carboxílico (Fmoc-Ac4c-OH) es un derivado de aminoácido no natural conformacionalmente restringido que presenta un anillo de ciclobutano en la posición del carbono α, con el grupo amino protegido por el grupo 9-fluorenilmetoxicarbonilo (Fmoc). El anillo de ciclobutano de cuatro miembros impone una tensión anular significativa (aproximadamente 26 kcal/mol) y restringe la flexibilidad conformacional del esqueleto del aminoácido, bloqueando la molécula en una geometría tridimensional bien definida. Esta estructura alifática cíclica y rígida preorganiza eficazmente el α-carboxilato y el grupo amino protegido, reduciendo la penalización entrópica tras la incorporación a las cadenas peptídicas.

Fmoc-N-etil-MPBA (ácido 4-(4-(N-Fmoc-N-etil)aminometil-3-metoxi-fenoxi)butírico) es un derivado especializado del ácido aminoetilfenoxibutírico protegido por Fmoc que combina una estructura aromática rígida con una cadena lateral flexible de ácido butírico y una funcionalidad bencilamina N-etilada protegida por el grupo 9-fluorenilmetoxicarbonilo (Fmoc). Estructuralmente, la molécula consta de un anillo central de 3-metoxifenilo que lleva una cadena de ácido butírico unida en para a través de un oxígeno de éter, mientras que el sustituyente N-etilaminometilo en la posición 4 está protegido por el grupo Fmoc, lábil en bases. Esta arquitectura única preorganiza un mango de ácido carboxílico (para conjugación o unión en fase sólida) y una amina secundaria (protegida por Fmoc para desprotección ortogonal) dentro de una estructura aromática rígida.