Fosforamidita Bz-rC

Bz-rC Fosforamidita es un monómero fundamental para la síntesis química de oligonucleótidos de ARN. El grupo protector N4-benzoilo en la base de citosina previene la ramificación y la terminación de la cadena durante el ciclo de acoplamiento de la fosforamidita, mientras que el grupo 2′-O-TBDMS protege el 2′-hidroxilo durante todo el ensamblaje de la cadena y se elimina después de la síntesis utilizando reactivos a base de fluoruro como el trihidrofluoruro de trietilamina (TEA·3HF). La fosforamidita Bz-rC es compatible con protocolos de síntesis de ARN estándar en sintetizadores automatizados de ADN/ARN (p. ej., Applied Biosystems, MerMade, Dr. Oligo), que normalmente utilizan soluciones activadoras de 0,25 M (5-etiltio-1H-tetrazol, 4,5-dicianoimidazol) y tiempos de acoplamiento de 5 a 10 minutos. La fosforamidita Bz-rC se ha validado ampliamente en la síntesis de ARN para estudios estructurales, oligonucleótidos antisentido, ARNip y aptámeros. La fosforamidita Bz-rC también se utiliza como estándar de referencia en la elaboración de perfiles de impurezas de oligonucleótidos, ya que el grupo benzoílo puede dar lugar a subproductos característicos (p. ej., productos de despirimidinación de N4-benzoílo) que deben monitorearse durante el desarrollo del proceso.

Parámetros del producto

Garantía de calidad en Cosperpharm

Cada lote se somete a:

● Cromatografía de gases (GC): pureza ≥97,0%

● Valoración no acuosa: pureza ≥97,0%

● Índice de refracción – análisis confirmatorio

● ¹H NMR – verificación estructural

● Apariencia: líquido transparente de incoloro a amarillo claro a naranja claro

Cada envío viene acompañado de un COA completo, una MSDS (con información completa del GHS) y un certificado de origen.

Preguntas frecuentes

P1: ¿Cuál es la diferencia entre fosforamidita Bz-rC y fosforamidita Ac-rC?

R: La fosforamidita Bz-rC usa un grupo protector benzoílo (Bz) en la amina exocíclica N4 de la citosina, mientras que Ac-rC usa un grupo acetilo (Ac). El grupo benzoilo proporciona una mayor protección contra la despirimidinación en las condiciones ácidas de eliminación de DMT (ácido tricloroacético al 3% en diclorometano). Para la mayoría de las aplicaciones de síntesis de ARN, se prefiere el grupo benzoílo para secuencias largas o ricas en desoxicitidina.

P2: ¿Cuál es el tiempo de acoplamiento recomendado para fosforamidita Bz-rC en un sintetizador estándar?

R: En condiciones estándar de síntesis de ARN con activador 0,25 M (p. ej., 5‑etiltio‑1H‑tetrazol o 4,5‑dicianoimidazol), un tiempo de acoplamiento de 5 a 10 minutos es típico para la fosforamidita Bz-rC. Para oligonucleótidos más largos (>40 unidades) o síntesis de alto rendimiento, optimizar la concentración del activador y el tiempo de acoplamiento puede mejorar los rendimientos.

Escenarios de aplicación del producto

1.Síntesis de oligonucleótidos de ARN

La fosforamidita Bz-rC es el componente básico estándar para introducir residuos de citidina en oligonucleótidos de ARN sintéticos para investigación, diagnóstico y desarrollo terapéutico.

2.Fabricación de ARNip

Se utiliza para incorporar 2′-OH citidina en dúplex de ARNip. El grupo TBDMS se elimina después de la síntesis, lo que produce ARN completamente nativo para estudios de ARNi.

3.Síntesis de oligonucleótidos antisentido (ASO)

Los ASO dirigidos a transcripciones de ARN requieren segmentos de ARN (p. ej., en diseños de gapmer). La fosforamidita Bz-rC proporciona los residuos de citidina necesarios con resistencia total a la nucleasa cuando se deja como 2′-OH o se modifica.

4. Generación de aptámeros de ARN

Las bibliotecas de aptámeros y los candidatos a aptámeros individuales se sintetizan químicamente utilizando fosforamidita Bz-rC para garantizar la fidelidad y escalabilidad de la secuencia.

5.Preparación de ARN de biología estructural

Para los estudios de cristalografía de rayos X y RMN, se deben sintetizar secuencias de ARN bien definidas con alta pureza. La fosforamidita Bz-rC ofrece la eficiencia de acoplamiento y la limpieza de desprotección requeridas.

6.Estándar de referencia para perfiles de impurezas

Como posible impureza del proceso en sustancias farmacológicas oligonucleotídicas (p. ej., N4-benzoil-citidina residual, productos de desprotección incompleta), la fosforamidita Bz-rC o sus derivados desprotegidos sirven como estándares de referencia en los métodos HPLC y LC-MS.

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